Samostatný archeologický odbor představuje přední instituci v rámci archeologického výzkumu Prahy, byť v současné době pověření k provádění záchranných archeologických výzkumů v Praze drží celkem 9 organizací. Tyto instituce se spolu s Odborem památkové péče Magistrátu hlavního města Prahy podílejí i na práci Pražské archeologické komise, jejímž hlavním úkolem je koordinace záchranných výzkumů v hlavním městě.

Zprávy o výsledcích archeologických výzkumů jsou komplexně pravidelně zveřejňovány v Kronice Pražského sborníku historického. Podle analýzy této rubriky bylo na území města v letech 1987 – 2006 uskutečněno celkem 820 významnějších archeologických výzkumů, týkajících se středověku. Z tohoto počtu pražský archeologický odbor NPÚ provedl 453 akcí, tedy více než 50 %. Jedná se samozřejmě o nejrůznější výzkumy, od několikadenních až po mnohaměsíční. Do uvedených čísel nejsou započítány akce s negativním výsledkem a rutinní dohledy na staveništích, jejichž počet jde každoročně do stovek. Svoji aktivitu při realizaci záchranných archeologických výzkumů a investičních záchranných výzkumů pro další vybrané akce zaměřují archeologové především na území historického jádra Prahy, pražské památkové rezervace.

Odbor rovněž zajišťuje projednání a distribuci programu podpory záchranných archeologických výzkumů (ZAV), z něhož se finančně přispívá na záchranné výzkumy, jejichž náklady nenese stavebník.

Další důležitou činností odboru je archeologická památková péče. Pracovníci odboru na základě žádosti OPP MHMP vydávají odborná stanoviska ke všem plánovaným zemním zásahům na území hl. m. Prahy. Mimo to poskytují konzultace investorům v počátečním stadiu přípravy stavby. Vedou databázi připravovaných i probíhajících staveb a nové akce pravidelně předkládají Pražské archeologické komisi. Ta navrhuje instituci, která pak vede další jednání s investorem, zajišťuje dohled nad stavbou a v případě nutnosti provádí záchranný archeologický výzkum. Do uvedené databáze následně na základě informací ostatních archeologických institucí doplňují pracovníci archeologického odboru výsledky uskutečněných výzkumů a dohledů na území města. Vedoucí odboru je předsedou komise, další archeolog instituce vede její agendu. Oddělení vede rovněž evidenci archeologických lokalit na území Prahy, zapsaných do seznamu nemovitých kulturních památek a podle možností provádí kontrolu jejich stavu a označení.

Do roku 2010 provedli pracovníci odboru revizi stavu dochování archeologických terénů v historickém jádru Prahy z grantových prostředků Ministerstva kultury ČR. Výsledek vedl k racionálnějšímu přístupu k zásahům do terénů v pražské památkové rezervaci a k vytipování možných nedotknutelných míst v jejím rámci. Většina odborných pracovníků odboru se účastnila nebo účastní grantových projektů GA ČR, MK, NAKI a institucionálních grantů vědy a vývoje.

Nezastupitelným úkolem práce odboru je odborné zpracování, dokumentaci a evidenci archeologických nálezů z již provedených terénních výzkumů, včetně některých výzkumů odborníků, kteří v instituci již nepracují. Archeologický odbor byl a je po celou dobu své existence hlavním garantem provádění záchranných archeologických výzkumů v Praze. Vzhledem ke kapacitám pražské archeologie a intenzitě stavební činnosti ve městě neplatí zásada, že nový výzkum může být archeologovi přidělen až po zpracování (odevzdání nálezové zprávy nebo lépe publikaci) výzkumu předchozího. Je třeba si uvědomit, že kompletní zpracování výzkumu je finančně téměř stejně náročné jako práce v terénu, časově pak minimálně dvakrát náročnější. To vede k situaci, kdy nezpracovaných výzkumů stále přibývá. Změnit tento nežádoucí trend znamená, aby v terénu současně pracovala pouze menší část archeologů, v optimálním případě jedna třetina. Dnes je tento poměr minimálně obrácený, při čemž běžně dochází i k situacím, že práce v terénu provádějí všichni odborní pracovníci.

Publikační činnost pracovníků odboru se soustřeďuje především na odborné výstupy, ale v poslední době se výrazně zvyšuje angažovanost směrem k nejširší veřejnosti. Jejím výrazným projevem byla roku 2005 výstava 40 let v podzemí, instalovaná u příležitosti 40. výročí založení archeologického pracoviště v Řetězové ulici a celoroční oslavy 50. výročí vzniku odboru v roce 2015. Archeologickým příspěvkům je vyhrazeno druhé číslo kmenového časopisu Staletá Praha. Roku 2008 byla založena nejprve v podobě e-booků a záhy v klasické formě edice Archeologické prameny k dějinám Prahy.